Факултет инжењерских наука Универзитета у Крагујевцу има четири организационе јединице: наставно-научну, научно-истраживачку и стручну, техничку и административну.

Наставно-научна јединица се бави наставним и научним радом у циљу остваривања плана и програма наставе на основним академским, мастер академским и докторским студијама и свих облика истраживања (фундаментална, развојна и примењена). Наставно-научну јединицу чине катедре које су основни облик организовања наставе и научно-истраживачког рада. Шест катедри (према редоследу формирања) су:

- Катедра за производно машинство,
- Катедра за моторна возила и моторе,
- Катедра за машинске конструкције и механизацију,
- Катедра за енергетику и процесну технику,
- Катедра за примењену механику и аутоматско управљање
- Катедра за електротехнику и рачунарство.

Научноистраживачка и стручна јединица (Институт) се бави научном, истраживачком, развојном, стручном, образовном и издавачком делатношћу у области машинства, израдом студија, експертиза, пројеката и друге техничке документације итд. Чине је лабораторије, центри и библиотека.

Техничка јединица обавља: лабораторијске послове, послове одржавања зграда, опреме и инсталација, обезбеђења објеката, копирања и фотографисања и друге послове техничке природе.

Административна једница реализује задатке везане за студентска питања, опште, правне, административне и финансијско-материјалне послове из области делатности Факултета.